肥培管理是水稻栽培重要的一環，而有機栽培的肥培管理最主要是以施用有機肥料替代化學肥料，但有機肥料施用不當往往會造成水稻生育不良的現象，如有機肥料施用量不足，水稻會出現營養缺乏的徵狀，尤其是缺氮，水稻葉片因葉綠素含量低而變黃，葉狹小，分蘗少，植株矮小，生育衰弱，產量減低，而若有機肥料施用量過多，水稻會出現營養過剩的徵狀，尤其是氮肥量太高，水稻葉片因葉綠素含量高而變濃綠，但莖葉與枝梗軟弱，易得稻熱病，青米多，產量及品質降低。
因此，適當的肥培管理，是水稻有機栽培成功的要件之一。另外，水稻有機栽培之肥培管理，可以避免土壤鹽分的累積及硬化的現象發生，增加土壤團粒構造、土壤通氣性、土壤保肥力與保水力、土壤微生物及土壤緩衝力，使土壤在良好的團粒構造下，成為各種養分的貯藏庫，各種養分可循環利用，提高施肥效果，減少土壤沖蝕作用。
換句話說，水稻有機栽培之肥培管理，應注意有機肥料的正確使用，藉以達到土壤養分與能源的循環 ，而自然生態系裏，有機物的分解還原需靠微生物的作用，藉以淨化土壤，培育健康土壤，以期發揮最大生產 功能。
土壤影響水稻生長之特性包括酸鹼度、質地、排水性、硬盤、有機質含量 、有效性養分含量、土壤厚度、坡度等等，應先予調查診斷，並對其特性予以調整土壤管理方法，而不應僅曉得如何使用肥料，否則不易收到效果。如以酸鹼度來說，水稻需要酸鹼度值 5.0~7.0 情況下生長才會良好，如無法到達此一範圍，則可施用石灰資材予以調整，如此一來，不但可以使施用肥料發揮效果，同時在此環境下水稻生長正常，病害特別是土壤衍生性的也顯著的減少，而若不調整酸鹼度，僅注重三要素肥料，則很難達到肥培的效果。
三、選擇肥料種類及其施用量 ：包括畜牧廢棄物、工業廢棄物與副產品之利用等有機物。
１、畜牧廢棄物：
牛糞： 豬糞： 雞糞： |
矽酸爐渣： 油粕類： 穀殼： 酒廠廢渣： |
有機肥料施用時期及比例，基肥為 80 %，追肥為 20 %；矽酸爐渣施用時期及比例，全量當基肥，且施用後間隔 1~2 年後再施用。
前作水稻收穫時，在聯合收穫機上附掛斬草設備，將稻草剪切成 6~9 公分， 均勻撒施在田間(估計稻草約有 4~5 公噸/公頃)，曝曬 2~3 天後，在旱田狀態，再以迴轉犁拌入土中，以增加土壤有機質。
利用稻田休閒期間種植綠肥作物為最經濟有效的土壤肥培管理，在一期作收穫後種植田菁，二期作收穫後種植豆科綠肥(青皮豆、烏豆、紫雲英)或油菜。大部分綠肥作物可與土壤微生 物共生，固定空氣中游離氮素，掩埋時之碳氮比又低，是一種具相當潛在效率之氮源，為符合水稻有機栽培經營之優良資材。
水稻有機栽培之肥培管理涉及營養需求、土壤特性以及有機資材特性，所有之養分須經過醱酵分解作用，由複雜之有機化合物中釋出，其過程受資材本身之性質、土壤物理、化學及生物性質之影響。同時，部分有機肥料含水稻生長所需之養分量較低，體積膨鬆，運費與施用費較高，因此選擇適當的有機肥料，種植綠肥，回歸利用作物殘體及動物排泄物，以符合水稻經濟生產及廢棄物處埋之雙重目標 ，才是水稻有機栽培之最適當肥培管理。
資料來源：江國忠 花蓮區農業專訊 第 26 期 87 年 12 月號
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